CUNIMAD (Centro de Educación Superior) como centro adscrito a la Universidad de Alcalá de Henares (UAH) desarrolla su actividad investigadora dentro los Planes de Investigación de dicha universidad y en coordinación con su Vicerrectorado de Investigación y Transferencia que es el órgano que coordina y dirige la investigación desarrollada en los distintos Departamentos, Grupos de Investigación, Institutos Universitarios y Centros de Apoyo que la conforman.
CUNIMAD quiere contribuir a la generación de conocimiento y a la transferencia de resultados a la sociedad. En este momento, la labor investigadora se vincula a las áreas de Salud y de Ciencias Sociales y Jurídicas y, en concreto, a los departamentos de Ciencias de la Educación y de Ciencias Biomédicas de la UAH (Universidad de Alcalá de Henares).